南京新书院项目式学习是为了培养学生对学习的兴趣，以及对于学科知识实际运用的能力，同时项目式学习服务于各学科的新型复习与课后巩固。项目式学习分为两个重要的学习线：1. 学习主线；2. 学科线。
学习主线
每个年级安排不同的学习主线，主要培养学生对自我及所学课程的理解和认知能力，思维逻辑能力，语言表达及故事叙述能力，协作探究及沟通的能力，制作图表并汇报的能力，以及学科知识的综合运用能力。各年段大致培养能力相同，三年级至六年级侧重于学科知识和写作能力的培养。
学科线
一二年级以学科的形式开展不同的主题活动，让学生巩固和运用已学的学科知识。三年级开始，学科线将成为项目式学习的主要部分。以各学科为主，将各学科在课堂上无法拓展的知识点进行延伸，同时将传统学校的填鸭式复习转化为更有趣的学习活动，通过这种新型的学习方式将学科知识加以熟练达到原有的复习功效。
项目式学习运用学习主线和学科线，激发学生对于学习的兴趣，进一步培养学生发现问题，解决问题的能力，并将这种探究式、项目式的学习理念融入到各学科的学习中。